İkinci Dünya Savaşı'nın son günlerinde Naziler, ölüm sebeplerini iyileştirmek üzere kara büyü kullanırlar. Bu sırada farkında olmadan bir iblis dünyaya getirirler. Müttefikler seremoninin gerçekleştirildiği yere baskın yaparlar. Ancak iblis henüz çağırılmıştır. Küçük Hellboy, büyüyüp yetişkin olduğunda kötülük yerine iyiliğe hizmet etmeye karar verir, kara büyü yapan Rasputin’den kurtulan Profesör Broom tarafından yetiştirilir. Dünyaya iyiliğin penceresinden bakan takım arkadaşları ile birlikte maceralar yaşayan Hellboy’un yapabileceklerinin gücü sınır tanımamaktadır. Deneysel olarak, istenmeden dünyaya gelişinin aslında bir anlamı vardır...